La Legge cantonale sulla protezione della natura definisce 5 categorie di aree protette.
La tutela formale dei biotopi e dei comparti naturali avviene tramite la creazione di aree protette. Il sistema delle aree protette è definito nella scheda P4 del Piano direttore.

1) Parchi naturali
Per parco naturale si intende un comparto di territorio con contenuti naturalistici e paesaggistici importanti, nel quale la salvaguardia e la valorizzazione delle componenti naturali sono abbinate ad attività didattiche, ricreative, culturali ed economiche. Ecco i parchi presenti nel Sottoceneri:
- Parco delle Gole della Breggia
- Parco della Valle della Motta

2) Riserve naturali
La riserva naturale è un’area in cui l’ambiente naturale è conservato nella sua integrità. Nelle riserve integrali la natura ha libero corso, in quelle orientate l’uomo ne indirizza lo sviluppo attraverso provvedimenti gestionali mirati. L’accesso è di regola ammesso solo per motivi di studio o per garantire la salvaguardia della zona protetta.

3) Zona di protezione della natura
La zona di protezione della natura è un’area con contenuti naturalistici specifici e particolari, in cui sono ammesse soltanto le utilizzazioni compatibili con le finalità di protezione, definite caso per caso da precise normative. Esempi di zone di protezione della natura sono le zone golenali, i prati secchi e in genere le zone tampone dei biotopi palustri.
- Decreto di protezione della foce della Magliasina
- Decreto di protezione di Molino - Colombera

4) Zona di protezione del paesaggio
La zona di protezione del paesaggio interessa territori meritevoli di protezione nel loro complesso. I vincoli hanno pertanto un carattere generico. Essa concerne prioritariamente i comparti naturali, quelli agro-forestali tradizionali e i geotopi.

5) Monumento naturale
Il monumento naturale copre la tutela di singoli oggetti naturali emergenti del paesaggio, come cascate, doline, singoli alberi monumentali o altro.